Ecosistemas: La vegetación corresponde al bosque húmedo tropical, y no ha sido alterada significativamente por la acción humana. Existe en el Parque una gran riqueza vegetal que ofrece a todas las especies la alimentación requerida, en todos los espacios y épocas del año. Sus bosques inundables se pueden clasificar en: rebalse muy bajo, rebalse bajo, rebalse medio y rebalse alto. El rebalse medio del Cahuinarí puede ser único por las características físicas, por la densidad y por la diversidad de la vegetación.
Hidrografía: Hacen parte del parque los ríos Caquetá, Cahuinarí, gran cantidad de afluentes menores y un sistema de lagos de gran importancia. El río Caquetá hace límite alrededor de 300 kilómetros y su ancho llega a los 2.000 metros en ciertas partes del Parque. El Cahuinari al inundar, se junta con el sistema de lagos, cambiando la composición de las aguas de los lagos, por lo que son considerados de aguas mixtas. Los niveles de los ríos varían según la época del año y el río Cahuinari varía su nivel hasta en 9,82 metros.
Fauna: Un gran número de especies se encuentran en el Parque, muchas de ellas aún no han sido reportadas. Las especies son conocidas en gran medida por el aprovechamiento que hace la gente de las comunidades, especialmente para su consumo, lo cual ha sido comprobado por los funcionarios del Parque (tanto por observación directa, como por su identificación en diferentes guías) y se pueden clasificar de acuerdo con los siguientes grupos:
Peces: La pesca ornamental es una actividad que se viene desarrollando en la región desde los años 70 por comerciantes blancos que utilizan mano de obra indígena. La intensidad no ha sido homogénea presentándose altibajos importantes a través del tiempo debido a la combinación de esta explotación con otras actividades.
Por la particularidad de las especies explotadas como ornamentales, los pequeños afluentes del río Caquetá en el sector de los Ingleses hasta Santa Isabel y los afluentes del río Cahuinarí han sido los lugares principales para esta actividad. Las principales especies explotadas son el Arawana (Osteoglossum bicirhossum), el Disco (Symphysodon discus) y el Tamborerito (Colomessus assellus).
La pesca comercial de los grandes bagres afecta principalmente al lechero (Brachyplatystoma filamentosum), dorado (B. flavicans), capaz (Platynematichtthys notatus), guacamayo (Phractocephalus hemiliopterus), pejeleño (Sorubimichthys planiceps) entre las especies de cuero, y las cachamas (Colossoma spp.) y el sábalo (Brycon spp.) entre las de escama. Esta actividad se centra alrededor de los cuartos fríos de Araracuara y La Pedrera.
Se han realizado algunos trabajos sobre ecología de los grandes bagres y de los peces de consumo del río Caquetá en la región de Araracuara.
Anfibios: La rana comestible: Osteocephalus taurinus, especialmente en la época de semana santa.
Reptiles: Las tortugas Charapa Podocnemis expansa, Taricaya P. unifilis, morrocoy Geochelona denticulata y G. carbonaria. Las babillas Caiman sclerops, Paleosuchus trigonatus, el caimán negro Melanosuchus niger.La Tortuga Charapa: La Fundación Natura en 1994 inició el proyecto denominado Plan Charapa, con el objetivo de proponer formas de manejo sostenible para la conservación de la especie en la región del Medio y Bajo río Caquetá. El proyecto implementó en 1995 una metodología de trabajo participativa que involucró a las comunidades indígenas como una herramienta que ayuda a la conservación de la especie. Esta metodología dio además las pautas para un sistema de cogestión en territorio de Resguardo traslapado con un área protegida.
Aves: Entre las aves, están las Panguanas Tinamus major, Cripturellus soui, C. undulatus; Pavas y Paujiles Penelope jacquacu, Aburria pipile, Crax globulosa; el Tente Psophia crepitans y las guacamayas Ara spp.
Otras aves presentes en la región son: la garza blanca Casmerodius albus, garza nocturna Nyctiocorax nyctiocorax, garza tigre Tigrisoma lineatum y la grulla Mycteria americana. Las guacamayas y loras Ara ararauna, A. macao, Amazona amazonica, así como los picones Ramphastus tucanus.
Mamíferos: Abundan en el Parque los osos hormiguero Myrmecophaga tridactyla, palmero Tamandua tretradactyla, el perico Bradypus variegatus; el armadillo o gurre Dasypus novemcintus, el armadillo trueno Priodontes maximus, así como entre los primates se destacan el cotudo Alouatta seniculus, el sogui sogui Callicebus torquatus, el churuco Lagothrix lagothricha; entre otro grupo se destacan el cusumbo Nasua nasua y el mico nocturno Potos flavus.
Entre las presas mas apetecidas para la cacería están: la danta Tapirus terrestris, los puercos Tajassu pecari y cerrillos T. tajacu, los venados Mazama americana y M. gouazobira y el borugo Agouti paca. Las presas menores son: la guara Dasyprocta fuliginosa y el tintín Myoprocta acouchy.
Entre otras especies que estan presentes en el área, pero no son consumidas, se encuentran: Los micos pielrojita Cebuella pygmea, volador Pithecia monachus, chichico Saimiri sciureus. La zorra Eira barbara, el perro de agua Pteronura brasiliensis y lobo de agua Lutra longicaudis. Los felinos Felis pardalis, F. tigrinum, F. weidii, el tigre colorado F. concolor, tigre dantero F. yaguarondi y el tigre mariposo Panthera onca. Los bufeos Inia geofrensis también abundan en todos los cursos de agua del Parque.
Vegetación: La vegetación corresponde a Bosque Húmedo Tropical y no ha sido alterada en forma significativa por la acción humana. Las formaciones vegetales presentan una gran diversidad en cuanto a la estructura del bosque y su composición florística.
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